Masalah utama pesantren hari ini adalah bagaimana proses transformasi itu dilakukan. Ada masalah-masalah sampingan, misalnya represi politik di masa Orde Baru.
Seorang pengajar di Pondok Pesantren Darurrohman, Wildan Suwardi, ditahan setelah mencabuli santri. Kasus ini terungkap setelah laporan orang tua korban.
Wagub Jateng Gus Yasin usul kreak dan gangster dimasukkan di pesantren. Usulan ini beda dengan langkah Pemprov Jabar yang membina anak nakal ke barak militer.