Masalah utama pesantren hari ini adalah bagaimana proses transformasi itu dilakukan. Ada masalah-masalah sampingan, misalnya represi politik di masa Orde Baru.
Polisi mengamankan 14 remaja yang terlibat dalam tawuran hingga menewaskan satu pelajar di Bandar Lampung. Saat ini, mereka yang diamankan masih diperiksa.