Pendidikan madrasah memiliki muatan kurikulum tambahan yang menekankan kepada aspek akhlak atau kepribadian, sejarah Islam, hingga aspek bahasa dan juga fikih.
Program pendidikan tersebut dikelola melalui Pusat Pendidikan Kelautan dan Perikanan (Pusdik KP) di bawah Badan Riset dan SDM Kelautan dan Perikanan (BRSDM).