PBNU mengalami perubahan kepemimpinan. KH Yahya Cholil Staquf dicopot sebagai ketua umum, dan seluruh kewenangan beralih ke Rais Aam KH Miftachul Akhyar.
Baru-baru ini polemik menyeruak di tubuh PBNU. Gus Yahya disebut bukan lagi sebagai Ketua Umum hingga posisi Gus Ipul diganti dari Sekretaris Jenderal.
Warga NU, Said Abdullah, mengungkapkan keprihatinan atas konflik di PBNU terkait pengelolaan batubara. Dia menyerukan islah untuk menjaga persatuan umat.
KH Yahya Cholil dicopot sebagai Ketua Umum PBNU per 26 November 2025. Rais Aam Kiai Miftah menegaskan keputusan ini final dan akan dibentuk Tim Pencari Fakta.