Masalah utama pesantren hari ini adalah bagaimana proses transformasi itu dilakukan. Ada masalah-masalah sampingan, misalnya represi politik di masa Orde Baru.
Hisashi Ouchi meninggal akibat kecelakaan nuklir di Jepang pada 1999 setelah terpapar radiasi mematikan. Insiden ini juga merenggut nyawa Masato Shinohara.