Ki Joko Bodo meninggal dunia di usia 58 tahun. Semasa hidup ia sempat berprofesi sebagai paranormal. Namun, akhirnya memutuskan hijrah pada tahun 2014.
Anak almarhum Ki Joko Bodo, Refo, menceritakan kronologi ayahnya berpulang. Disebut juga Ki Joko memiliki riwayat penyakit komplikasi seperti darah tinggi.