Setelah sempat tak terdengar gaungnya, Densus Anti Teror Polda Metro Jaya akan 'dibangunkan' kembali. Mereka akan dilatih untuk menghadapi kemungkinan aksi bom di Jakarta.
Terjadinya bom Bali II menunjukkan lemahnya pemberantasan terorisme. Presiden SBY pun meminta TNI untuk berperan dalam menangkal dan menindak kejahatan terorisme.
Pasca bom Bali II, daerah pinggiran Jakarta kembali diawasi polisi. Warga diminta melapor ke ketua RT dan RW setempat bila ada pendatang yang mencurigakan.
Polri sukses menggulung pelaku bom Bali I 12 Oktober 2002, Amrozi cs. Kemungkinan Amrozi cs akan dimintai keterangan untuk memperjelas identitas pelaku bom Bali II.
Bom Bali II yang meledak setelah tiga tahun tragedi bom Bali pertama bukan aksi tiba-tiba. Aksi ini sudah terindikasi dalam sidang bom Bali sebelumnya.
Hasil identifikasi dan intensifikasi terhadap 3 kepala berikut bagian tubuh yang berhasil diamankan polisi, mereka rata-rata berusia antara 20-25 tahun.