Selama PPKM Darurat, PT KAI Daop 8 Surabaya membatalkan beberapa perjalanan KA jarak jauh dan lokal. Namun masih ada 17 KA yang beroperasi selama PPKM Darurat.
Di masa PPKM Darurat, PT KAI Commuter mewajibkan para penumpang menggunakan masker ganda atau dobel. Ini sebagai upaya untuk mencegah penularan COVID-19.
PT Kereta Api Indonesia menyediakan layanan vaksinasi Covid-19 gratis di stasiun bagi pelanggan KA jarak jauh. Itu dimulai 3 Juli 2021 di berbagai stasiun.