Banjir di Jakarta dan sekitarnya juga berpengaruh terhadap penumpang KA. Jumlah penumpang KA jurusan Yogyakarta- Jakarta atau sebaliknya turun drastis.
Kereta api yang sedang mengarah ke Jakarta terpaksa harus antre. Salah satu rel KA yang berada di Rawa Bebek, Cakung tertimbun tanah. Perjalanan pun molor.