Hasil perolehan suara langsung diumumkan padahal pemungutan suara tidak serentak, ternyata menimbulkan dampak tersendiri. Calon pemilih banyak yang menyeberang setelah tahu partai idolanya kedodoran.
Menlu Hassan Wirajuda menyatakan, coblosan legislatif di luar negeri juga digelar serentak pada 5 April 2004, meskipun dalam pelaksanaannya ada selisih waktu.
Hantu pemilu susulan akhirnya muncul juga. Sejumlah TPS di 9 kabupaten/kota di Papua adalah korban pemilu susulan yang belum diketahui kapan akan ikut coblosan.