Panji Gumilang, pemimpin pondok pesantren Al Zaytun menolak dikait-kaitkan dengan NII. Dia menegaskan, NII sudah tidak ada lagi, nasibnya sama seperti PKI, sudah selesai.

Ketua Umum Partai Demokrat Anas Urbaningrum dan Sekjennya Edhie Baskoro Yudhoyono atau Ibas ternyata pernah mengunjungi Pondok Pesantren Al Zaytun. Anas dan Ibas mengunjungi Al Zaytun pada Kamis 17 Maret 2011 lalu.

Ketua Umum PP Muhammadiyah Din Syamsuddin menyebut pemimpin Negara Islam Indonesia (NII) KW 9 adalah juga merupakan pimpinan dari Pondok Pesantren Al-Zaytun, Indramayu, Jabar. Din juga menyebut wali ideologis di NII KW 9 sangat dipatuhi daripada wali biologis.

MUI Jabar mengaku bingung dengan keberadaan Ponpes Al-Zaytun, Indramayu. Sebab banyak pejabat yang dikabarkan sering berkunjung ke pondok pesantren pimpinan Panji Gumilang itu.

Eks Kepala Badan Intelijen Nasional (BIN) Hendropriyono menyangkal kabar NII dibekingi intelijen. Ia bilang, NII dahulu dianggap enteng karena tidak memakai kekerasan.

Eks KaBIN Hendropriyono berpendapat Ponpes Al Zaytun adalah pesantren bernuansa pendidikan dan tidak ada unsur politik. Mantan Presiden Soeharto  dan BJ Habibie juga pernah datang ke ponpes di Indramayu itu.

Untuk menyelesaikan permasalahan NII yang mulai ramai akhir-akhir ini, diperlukan pendekatan yang bersifat komprehensif atau menyeluruh agar dapat merangkul semua pihak. Dengan demikian, tidak akan ada pihak yang salah paham.

Ini pengakuan seorang mantan anggota NII KW 9. Sejak awal bergabung, dia tidak pernah dikenalkan rukun Islam. Layaknya umat Islam, NII KW 9 juga berhaji. Tapi, Tanah Suci bagi mereka adalah Ponpes Al Zaytun.

Panglima TNI Laksamana TNI Agus Suhartono tak mau berkomentar banyak soal militer yang disebut-sebut ada di belakang NII KW 9. Agus hanya minta masyarakat jangan menduga-duga.

Banyak kasus orang hilang dan penipuan berkedok doktrin agama yang marak akhir-akhir ini diduga berkaitan dengan NII KW 9. Mantan menteri NII KW 9 Imam Supriyanto mendukung Kementerian Agama untuk mengusut tuntas kasus NII KW 9 ini.