Untuk kereta yang tetap beroperasi, KAI menyebut ada pengamanan ekstra, yakni dengan penggunaan lokomotif khusus dan pembatasan kecepatan di titik banjir.
Dua rangkaian kereta dari Daop 5 Purwokerto dibatalkan akibat banjir. KAI menerapkan rekayasa operasi dan memberikan pengembalian tiket 100% kepada penumpang.