Stasiun Manggarai bakal jadi stasiun sentral di Jakarta. Semua pergerakan kereta baik yang jarak jauh dan kereta lokal KRL Jabodetabek bakal beroperasi di sana.
PT KAI Commuter memberlakukan aturan switch over di Stasiun Manggarai hingga menyebabkan kepadatan penumpang. Penumpang menumpuk di tangga hingga eskalator.
Mulai Sabtu 28 Mei 2022 ada perubahan rute perjalanan KRL lintas Cikarang/Bekasi, lintas Bogor/Depok/Nambo, serta perubahan pola transit di Stasiun Manggarai.
Hari ini merupakan hari kerja pertama di masa pemberlakuan PPKM Darurat. PT MRT Jakarta ikut melakukan pembatasan dengan penutupan beberapa pintu masuk.