Penerapan aturan rekening dana kampanye pilpres lebih ketat dibandingkan kampanye parpol. Apabila terjadi pelanggaran, pasangan calon dapat didiskualifikasi.
Para capres dan pasangannya mesti mendaftarkan diri langsung ke KPU pada masa pendaftaran capres-cawapres 6-12 Mei 2004. Pendaftaran tidak boleh diwakilkan.
Pemilih terdaftar yang tidak mencoblod pada Pemilu 2004 ternyata cukup besar, yakn 23.580.030 orang dari jumlah pemilih terdaftar 148.000.369 atau 16 persen.