Dana Rp 13 miliar mengucur untuk rekonsiliasi RI dengan GAM. Tapi Puteh menampik dana itu sebagai sumbangan untuk GAM. Namun Rp 5 juta memang diberikan kepada seorang anggota GAM.
Setelah disodok kasus korupsi, Puteh diduga terlibat GAM. Puteh memang pernah bertemu dengan GAM sebelum jadi gubernur NAD. Tapi keterlibatan itu dibantahnya.