Perjalanan KRL dari arah Bekasi juga mengalami rekayasa. Sebagian kereta hanya bisa melintas hingga Manggarai akibat banjir di jalu Stasiun Jakarta Kota.
Banjir yang terjadi di Jakarta berdampak pada kedatangan Kereta Api (KA) Jakarta-Yogyakarta. Bahkan, beberapa di antaranya terlambat hingga berjam-jam.