Jenazah Syekh Ali Jaber meninggalkan rumah duka di Perumahan Berdikari, Jakarta Timur. Jenazah dibawa ke pemakaman di Pondok pesantren Darul Quran, Tangerang.
Ketua DMI M Jusuf Kalla (JK) berdukacita atas wafatnya Syekh Ali Jaber. Menurut JK, wafatnya Syekh Ali Jaber merupakan kehilangan besar bagi umat Islam di RI.