Pilot Garuda yang terkait dengan dinas rahasia BIN, Pollycarpus Budihari Priyanto, disebut sebagai kemungkinan pembunuh Munir. Pejabat Garuda disebut telah memberikan keterangan palsu.
Selain melibatkan tiga orang pejabatnya, disinyalir ada satu orang lagi pejabat Garuda yang masuk dalam konspirasi menghilangkan nyawa aktivis HAM Munir.