Meski masih dalam wilayah Jakarta, namun urusan tranportasi di Kepulauan Seribu bukan perkara mudah. Ada siswa yang harus menempuh perjalanan laut selama enam jam agar bisa mengikuti ujian nasional.
Siswa berkebutuhan khusus tidak mendapat toleransi dalam mengerjakan ujian nasional. Para siswa tuna netra di Solo terpaksa mengerjakan UN dengan soal umum yang yang dibacakan pengawas.
Komisi X DPR berencana memanggil Menteri Pendidikan dan Kebudayaan, M. Nuh menyangkut kisruhnya pelaksanaan UN tingkat SMA 2013. Namun hingga kini undangan resmi untuk sesi tersebut pernah diterima.
Ervina Devi Widhihastuti (17), siswa SMA 1 Kokap Kabupaten Kulonprogo terpaksa mengikuti UN susulan. Dia tidak bisa mengikuti UN karena luka akibat disiram air panas dan dibacok oleh seorang penderita sakit jiwa.
Pelaksanaan Ujian Nasional tingkat SMP/MTs bagi siswa tuna netra mengalami masalah. Hal ini yang terjadi di MTs Yaketunis di Jl Parangtritis 46 Yogyakarta.