Sejumlah kereta Jabotabek dan ke luar Jakarta banyak yang dibatalkan. Beberapa sarana kereta pun rusak akibat banjir. PT KA menaksir merugi hingga Rp 7,25 miliar.
Genangan air masih meredam beberapa titik jalan di ibukota hingga Selasa (6/2/2007). Para pengendara diimbau untuk mencari alternatif jalan lain karena kawasan ini belum dapat dilalui kendaraan.
Banjir di Jakarta dan sekitarnya juga berpengaruh terhadap penumpang KA. Jumlah penumpang KA jurusan Yogyakarta- Jakarta atau sebaliknya turun drastis.