Organisasi Penggerak Kemendikbud menjadi polemik menyusul mundurnya Muhammadiyah, PBNU, dan PGRI dari kegiatan itu. Anggaran untuk program itu sebesar Rp 595 M.
"Pengunduran diri NU dan Muhammadiyah dari program ini menunjukkan jika ada ketidakberesan dalam proses rekrutmen Program Organisasi Penggerak Kemendikbud."
Menteri Pendidikan dan Kebudayaan (Mendikbud) Nadiem Makarim meminta maaf terhadap Muhammadiyah, PBNU, dan PGRI terkait Program Organisasi Penggerak (POP).