Citilink Indonesia menyetop sementara penerbangan di tengah pandemi, kendati sempat mengudara mulai 8 Mei 2020. Malah keputusan itu dimulai sejak 22 Mei 2020.
Citilink tetap terbang dalam masa periode larangan mudik. Selain melayani penerbangan khusus,mereka juga melayani kargo untuk 36 penerbangan ke 20 rute.
Dalam rangka penanggulangan COVID-19, operasional penerbangan reguler dan charter penumpang telah ditutup. Kini, Maskapai Citilink membuka pelayanan kargo.