PSSI masih menunggu persetujuan dari AFC setelah menunjuk Bali United dan Persija Jakarta. Federasi telah memutuskan dua klub itu tampil di Piala AFC 2021.
Penunjukkan Persija Jakarta ke Piala AFC 2021 menuai kontroversi. Ketimbang Macan Kemayoran, Persipura Jayapura dinilai lebih layak jika mengacu ketentuan AFC.