Inpres No 5 tahun 2005 tentang pemberdayaan industri pelayaran nasional dinilai sulit dijalankan 100 persen mengingat tidak didukung oleh infrastruktur seperti pelabuhan yang belum memadahi.
Pada tahun 2007 Menteri Kelautan mengeluarkan kebijakan tidak ada lagi kapal ikan asing yang beroperasi di Indonesia dengan cara kontrak kerjasama bilateral yang habis tidak akan diperpanjang.