Rumitnya sistem Pemilu 2004 berdampak pada tingginya suara yang hilang. Untuk kabupaten Badung, Bali, sebanyak 71.721 atau 23,4 % suara pemilih hilang.
Sebanyak 17 perwakilan parpol Demak bersepakat untuk memboikot tak menandatangi berita cara penghitungan suara gara-gara tuntutannya tidak digubris KPUD.
Panwaslu menilai surat KPU no 650/19/III/2004 tentang surat suara yang tertukar daerah pemilihan melanggar UU Pemilu. Karena itu, Panwas meminta agar dicabut.