Tak hanya melanggar UU terorisme, pimpinan Khilafatul Muslimin Abdul Qadir Baraja juga penah melanggar pidana lain. Salah satunya protokol kesehatan (prokes).
Anggota Khilafatul Muslimin ditangkap karena menyebarkan ajaran bertentangan Pancasila. Polisi menyebut anggota Khilafatul Muslimin juga kerap menyebarkan hoax.