Terdapat sejumlah perubahan mengenai aturan perjalanan untuk KRL Jabodetabek, KRL Yogyakarta-Solo, KA Lokal Merak-Rangkasbitung PP, dan KA Prambanan Ekspres.
Bukan cuma jalur baru, sebuah bangunan stasiun baru juga dibuat. Bangunan itu juga menjadi integrasi antara layanan commuter line dengan kereta bandara.