Prabowo membentuk Komite Eksekutif Percepatan Pembangunan Otonomi Khusus Papua. Komite tersebut dapat mengelola secara khusus agenda pembangunan di Papua.
Menurutnya, penetapan tersangka di kasus tersebut merupakan otoritas kejaksaan. Dia mengingatkan agar masyarakat mengikuti prinsip asas praduga tak bersalah.