Syekh Ali Jaber meninggal setelah sempat dirawat karena COVID-19. Meski dipastikan saat meninggal sudah negatif, Syekh Ali Jaber mengalami sejumlah komplikasi.
Menko Polhukam Mahfud Md berduka atas wafatnya Syekh Ali Jaber. Mahfud mengatakan Indonesia kehilangan Syekh Ali Jaber, penceramah sejuk nan penuh kedamaian.