Presiden SBY berencana mengganti Panglima TNI Jenderal Endriartono Sutarto pada awal 2006. Diulurnya masa pergantian ini dinilai bukti ada masalah di tubuh TNI.
Mundurnya pergantian Panglima TNI membuat kecewa sebagian anggota DPR RI. Bahkan Presiden SBY dianggap sengaja mengganjal peluang Jenderal TNI Ryamizard.
Setelah Aceh dan Papua diberi otonomi khusus, giliran Pulau Dewata Bali meminta hal yang sama. Hari ini,sejumlah tokoh dan pejabat Bali meminta agar Bali diberi otonomi khusus.
Hingga saat ini, penanganan bencana alam oleh Badan Koordinasi Nasional (Bakormas) Penanggulangan Bencana dan Penanganan Pengungsi (PBP) belum optimal. Tapi, Bakornas tidak perlu dibubarkan, tapi perlu direvitalisasi dan disempurnakan.
Niat Panglima TNI Jenderal Endriartono Sutarto pensiun secepatnya kembali kandas. Presiden SBY memastikan pergantiannya baru akan dilakukan tahun 2006 nanti.