Setelah Hasyim Muzadi terpilih sebagai ketua umum PBNU, muktamar NU ke-31 segera ditutup. Tidak tampak kiai pro Gus Dur dalam acara penutupan muktamar ini.
Hasyim dan Masdar Masudi maju sebagai calon ketua umum PBNU. Keduanya menandatangani kontrak dengan Rois Aam PBNU yang melarang mereka terlibat politik praktis.