Pelindo mengakui pendangkalan alur di beberapa pelabuhan, dengan Bengkulu paling terdampak. Pelindo siap tangani masalah ini dengan dukungan pemerintah.
Dari hasil evaluasi terlihat salah satu terminal petikemas di Tanjung Priok yaitu Terminal NPCT1, melayani pelanggan melebihi kapasitas ideal untuk operasi.