Gafatar terus menuai kontroversi setelah banyak orang hilang setelah mengikuti organisasi tersebut. Gafatar diduga merupakan hasil evolusi dari beberapa lembaga
Gafatar pernah menggelar bakti sosial di Alun-Alun Kota Mojokerto 2013 lalu. Wali Kota Mojokerto risau lantaran penganut nabi palsu Ahmad Musaddeq kerap menipu.
Hilangnya sejumlah orang terkait Gafatar tak hanya terjadi di Yogyakarta, namun di beberapa daerah di Pulau Jawa. Ini beberapa jejak mereka yang tertinggal.