Stasiun Manggarai akan menjadi transit KRL, KA jarak jauh, dan KA bandara. Stasiun ini akan dibangun 2 lantai untuk ditingkatkan kapasitasnya hingga kelar 2019.
Untuk pertama kalinya di dunia, operator kereta api mendapat status halal. Kereta api di Malaysia ini pun akan menyediakan makanan yang sesuai aturan Islam.