Setelah bom Bali II, bahaya terorisme juga menjadi kekhawatiran persiapan mudik. Mengantisipasi kekhawatiran itu, PT KA mengerahkan 575 petugas keamanan.
Memasuki hari ketiga puasa, Menhub Hatta Rajasa melakukan sidak untuk mengecek persiapan angkutan mudik lebaran. Hatta mengunjungi stasiun, terminal dan pelabuhan.