Pemerintah menetapkan pelaksanaan Idul Adha jatuh pada 31 Desember 2006. Perayaan Idul Adha ini lebih lama satu hari dari Arab Saudi yang menetapkan 30 Desember.
Majelis Mujahidin Indonesia meragukan kredibilitas Tim Penanggulangan Teror yang dibentuk berdasarkan SK Menag. Tim ini bertugas meluruskan jihad ke pesantren.