Banjir di Jakarta dan sekitarnya juga berpengaruh terhadap penumpang KA. Jumlah penumpang KA jurusan Yogyakarta- Jakarta atau sebaliknya turun drastis.
Banjir merendam sebagian kawasan Jakarta. Angkutan umum banyak yang sudah menyerah, busway pun kolaps. Tinggal KRL tujuan Bogor yang masih menjadi andalan.
Sejumlah wilayah Jakarta lumpuh total akibat banjir. Tidak hanya jalanan, rel kereta api pun ikut terendam air. Beberapa stasiun kereta menutup pelayanan antar stasiun.
Kecemasan tak hanya dirasakan keluarga korban KA Bengawan Tanah Abang-Solo yang anjlok di Cirebon. Keluarga penumpang KA Bengawan jurusan Solo-Tanah Abang juga cemas dan bingung.