Stasiun Manggarai merupakan stasiun transit pengguna KRL yang hendak berpindah tujuan. Sejumlah penumpang pun mengeluhkan suasana transit di Stasiun Manggarai.
TransJ melakukan modifikasi rute 1B menjadi Stasiun Palmerah-Transport Hub Dukuh Atas dan rute 2P menjadi Senen-Transport Hub Dukuh Atas mulai hari ini.