Pelanggaran dalam pemungutan suara terbanyak pengadaan dan distribusi logistik KPU yang berantakan. Selebihnya akibat kelalaian PPS dan manipulasi data.

BPS menyebutkan jumlah pemilih yang belum terdaftar kurang dari setengah persen dari total pemilih sebanyak 146 juta orang, berdasarkan data per 10 Januari 2004.