Nurhadi akhirnya lengser di tengah pemeriksaan KPK. Sepanjang Nurhadi menjadi Sekretaris MA, hakim agung Gayus konsisten mengkritik gaya kepemimpinannya.
MA mengajukan surat pengunduran diri Sekretaris MA Nurhadi kepada Presiden Joko Widodo. Surat pengunduruan diri tersebut telah disetujui Presiden Jokowi.
KPK perlahan-lahan mengusut perkara yang menyeret Nurhadi. Dalam beberapa operasi tangkap tangan di pengadilan, Nurhadi memang sering disebut-sebut terlibat.