TNI hanya akan membantu pengiriman logistik pemilu ke tempat-tempat yang terpencil dan dalam situasi darurat atau rawan. Daerah itu yakni Aceh dan Papua.
Panglima TNI Jenderal Djoko Santoso telah meminta Panglima Kodam XVII/Cendrawasih, Mayjen TNI Azmyn Yusri Nasution, untuk mengejar para anggota Organisasi Papua Merdeka (OPM), pelaku penembakan anggota TNI
Menteri Pertahanan Juwono Sudarsono menyatakan, kasus penembakan terhadap anggota TNI di Papua untuk mengacaukan pelaksanaan kampanye Pemilu 2009 di lapangan. Namun, dalam menangkap pelaku penembakan, TNI dan Polri tidak menggunakan cara kekerasan.
Panglima TNI Jenderal Djoko Santoso meminta Paspapres lebih memperketat pengamanan Presiden SBY dan Wapres Jusuf Kalla dalam berkampanye. Paspampres pun menyatakan siap mengantisipasi kondisi terburuk sekalipun.
Panglima TNI Jenderal TNI Djoko Santoso meminta agar semua prajurit Pasukan Pengamanan Presiden (Paspampres) memperketat pengamanan kepada Presiden dan Wakil Presiden dalam kampanye dalam Pemilu 2009 ini. Peningkatan pengamanan juga dilakukan terhadap keluarga Presiden dan Wapres.
Mahasiswa IMG kena sanksi skorsing dan kerja sosial. Kerja sosialnya bermacam-macam yang penting terkait pengembangan profesi dan keilmuan.Terkait sanksi, pengurus IMG belum memberikan komentar terhadap sanksi tersebut.
ITB telah mengeluarkan sanksi untuk para pengurus Ikatan Mahasiswa Geodesi (IMG). Para mahasiswa himpunan menerima sanksi penghentian kegiatan akademik beberapa semester plus kerja sosial.