Selama PPKM Darurat, PT KAI Daop 8 Surabaya membatalkan beberapa perjalanan KA jarak jauh dan lokal. Namun masih ada 17 KA yang beroperasi selama PPKM Darurat.
PT Kereta Api Indonesia menyediakan layanan vaksinasi Covid-19 gratis di stasiun bagi pelanggan KA jarak jauh. Itu dimulai 3 Juli 2021 di berbagai stasiun.