Sebelum meninggal dunia, Bondan telah menjalani dua kali operasi jantung. Setelah operasi jantung pertama, ada bakteri yang menginfeksi tubuh pakar kuliner itu.
Putra Bondan Winarno menyatakan meninggalnya sang ayah karena kondisi jantung. Meninggalnya Bondan tak terkait dengan gaya hidup yang suka makanan 'maknyus'.