Jenazah Syekh Ali Jaber meninggalkan rumah duka di Perumahan Berdikari, Jakarta Timur. Jenazah dibawa ke pemakaman di Pondok pesantren Darul Quran, Tangerang.
Ketua DMI M Jusuf Kalla (JK) berdukacita atas wafatnya Syekh Ali Jaber. Menurut JK, wafatnya Syekh Ali Jaber merupakan kehilangan besar bagi umat Islam di RI.
Sebelum meninggal dunia, Syekh Ali Jaber pernah menuturkan keinginannya dimakamkan di Lombok, NTB. Sang adik menjelaskan maksud ucapan Syekh Ali Jaber.