Kepala Staf Presiden, Moeldoko menyebut kedaulatan wilayah Indonesia tidak bisa diganggu gugat. Karena itu, kekuatan militer tengah dikerahkan ke Natuna.
Pangkalan TNI Angkatan Laut (Lanal) Banyuwangi mendapat armada baru untuk pendukung keamanan teritori wilayah. Armada itu yakni Kapal Angkatan Laut Rajegwesi.
Empat kapal perang itu punya kemampuan anti-kapal selam dan anti-serangan udara. Ada pula kapal yang siap sedia mengisi bahan bakar kapal lain yang berpatroli.